Los algoritmos se aplican a una población de OE, haciéndolos evolucionar hasta que se alcanza una condición. Básicamente llevan a cabo el bucle de evaluación, selección, reproducción y sustitución.
La implementación actual de la biblioteca incluye los siguientes objetos algoritmo: eoEvolutionStrategy (estrategias de evolución), eoEasyEA (un algoritmo evolutivo simple y flexible), eoSGA (el algoritmo genético de Goldberg [#!Goldberg89!#]), eoPSGA (el algoritmo genético de Goldberg pero llamando a un operador de migración en cada generación)y eoSteadyStateEA (un AE que utiliza un algoritmo de selección de estado estacionario).
La figura representa la jerarquía de clases de la biblioteca OE para los algoritmos comentados.