La teoría de la evolución [#!tutorialJJ!#] fue descrita por Charles Darwin [#!Darwin59!#] veinte años después de su viaje por las islas Galápagos en el Beagle, en el libro ``Sobre el Origen de las Especies por medio de la Selección Natural''. Este libro fue bastante polémico en su tiempo, y en cualquier caso es una descripción incompleta de la evolución. La hipótesis de Darwin, presentada junto con Wallace, que llegó a las mismas conclusiones independientemente, es que pequeños cambios heredables en los seres vivos y la selección natural son los dos hechos que provocan el cambio en la Naturaleza y la generación de nuevas especies. Pero Darwin desconocía cuál es la base de la herencia, pensaba que los rasgos de un ser vivo eran como un fluido, y que los "fluidos" de los dos padres se mezclaban en la descendencia; esta hipótesis tenía el problema de que al cabo de cierto tiempo, una población tendría los mismos rasgos intermedios.
Fue Mendel quien descubrió que los caracteres se heredaban de forma discreta, y que se tomaban del padre o de la madre, dependiendo de su carácter dominante o recesivo. A estos caracteres que podían tomar diferentes valores se les llamaron genes, y a los valores que podían tomar, alelos. En realidad, las teorías de Mendel, que trabajó en total aislamiento, se olvidaron y no se volvieron a redescubrir hasta principios del siglo XX. Además, hasta 1930 el geneticista inglés Robert Aylmer no relacionó ambas teorías, demostrando que los genes mendelianos eran los que proporcionaban el mecanismo necesario para la evolución.
Más o menos por la misma época, el biólogo alemán Walther Flemming describió los cromosomas como ciertos filamentos en los que se agregaba la cromatina del núcleo celular durante la división; poco más adelante se descubrió que las células de cada especie viviente tenían un número fijo y característico de cromosomas.
Y no fue hasta los años 50, cuando Watson y Crick descubrieron que la base molecular de los genes está en el ADN, ácido desoxirribonucleico. Los cromosomas están compuestos de ADN, y por tanto los genes están en los cromosomas.
Al código genético se le llama genotipo y al cuerpo que construyen esas proteínas, modificado por la presión ambiental, la historia vital, y otros mecanismos dentro del cromosoma, se llama fenotipo.
Esta es la base de la teoría del neo-darwinismo, que afirma que la historia de la mayoría de la vida está causada por una serie de procesos que actúan en y dentro de las poblaciones: reproducción, mutación, competición y selección. La evolución se puede definir entonces como cambios en el conjunto genético de una población.
Sin embargo, la selección natural no es la única forma de selección que podemos encontrar en la Naturaleza. En diversas áreas, como la economía y los mercados, podemos ver cómo ciertas empresas evolucionan, ``alimentándose'' unas de otras, ocupando ``nichos económicos'', tal y como describe Brian Arthur en [#!Arthur90!#] y John Holland en [#!Holland75!#]. Así mismo existe una teoría sobre cómo evolucionan los ``universos inflacionarios'' [#!Linde94!#], según la cual, universos con diferentes leyes físicas compiten entre sí, resultando ganadores algunos de ellos, ocupando así todo el espacio posible. Finalmente, incluso las ideas evolucionan (evolución memética -memetic evolution- [#!Heylighen92!#]), compitiendo por el espacio cerebral, reproduciéndose y mutando: una idea puede ser una canción, una cadena de texto o una imagen de televisión.
En todos estos ejemplos de evolución es difícil identificar un sustrato que evoluciona, pero sí encontramos muchas otras características que nos hacen pensar en ellos como en algún tipo de evolución.